応用生物化学 堀研究室

                 (Click: Go to English version HP,Hiroyuki Hori Lab, Ehime University, Japan)


What's news!
2021.12
・徳島大学の平田先生の研究室へ野利本くんをリーダーとする4名のチームを派遣しました。
・第44回日本分子生物学会年会(横浜)に、堀、野利本くん、片岡くん、桑名くんが参加してきました。久しぶりの対面での学会参加です。
学会風景のページへ

2021.10
・仮配属の3回生が決まりました。
・化学・生命科学演習をスタートしました。かつての生命科学実験の改訂版です。

2021.09
・今年のM2発表会は、研究室紹介を兼ねて遠隔・同期で開催しました。

2021.08
・大学院入試がありました。みなさん、お疲れさまです。

2021.07
・堀と山上先生が日本RNA学会で発表しました。堀は、富田先生(東京大学)とセッション1の座長も務めました。

2021.06
・野利本くんが、2021 アーキア研究会(遠隔)で発表しました。

2021.04
・山上龍太先生が助教として着任されました。

2021.03
・新型コロナウィルス感染対策のため、卒業・修了祝賀会は、自粛されましたが、居合わせたメンバーで写真を撮りました。
できごと記事へ

2021.02
・卒論発表会が開催されました。
・修論発表会が開催されました。
できごと記事へ

2021.01
・山下さん、野利本くん、有澤くんを徳島大学へ派遣しました。
・新年明けまして、おめでとうございます。

2020.12
・山下さんを徳島大学へ派遣しました。

2020.11
・eLSに"Transfer RNA Synthesis and Regulation"という総説が受理されました。

2020.10
・仮配属の3回生が決まりました。

2020.09
・研究室紹介とM2発表会を行ないました。M2のメンバーをはじめ、みなさん、お疲れさまでした。
できごと記事へ

2020.08
・大学院入試がありました。みなさん、お疲れさまでした。

2020.07
・堀が第267回応用化学科セミナーで発表しました。

2020.04
・Journal of Biochemistry誌に、荒川さんと上崎くんを分割第一著者とする論文が受理されました。
・新たなメンバーでの新年度のスタートですが、入学式も中止となり、授業の開始も延期され、ちょっと調子の悪い出だしです。
・平田先生が徳島大学の准教授としてご栄転されました。

2020.03
・新型コロナウィルスの感染拡大防止のため、卒業式、修了式、学位授与式は中止となりましたが、居合わせた研究室メンバーで写真を撮りました。
できごと記事へ

2020.02
・卒論発表会が開催されました。
できごと記事へ

・修論発表会が開催されました。
できごと記事へ

2020.01
・東京大学・農学部の浅川先生が来訪されました。
・新年明けまして、おめでとうございます。本年もよろしくお願いします。

2019.12
・忘年会を開催しました。
できごと記事へ

・第42回日本分子生物学会年会(福岡)で、荒川さん、河野くん、堀が発表してきました。
学会記事へ

2019.11
・Nature Chemical Biology誌に論文が掲載されました。岐阜大学の横川先生を第一著者とする共著論文です。

2019.10
・平田先生、福本くん、山下さんがSPring-8で測定してきました。
・三回生の歓迎会を開催しました。
・秋元くん、磯貝くん、村上さん、山下さんが、愛媛大学で開催された細胞を創る研究会12.0で発表しました。年会長は、応用化学科の高井和幸先生です。私(堀)は、山岸明彦先生(東京薬科大学名誉教授)の基調講演の座長を担当しました。
学会記事へ

・仮配属の三回生が決まりました。また、研究室がにぎやかになりました。

2019.09
・Nucleic Acids Research誌に、平田先生の論文が受理されました。
・平田先生が福岡で開催されたThermophiles 2019で発表してきました。

2019.08
・大学院入試が行なわれました。みなさん、お疲れさまです。
・宇和島東高校の生徒さんが、大学研究室体験研修で実験を行ないました。
できごとのページへ

宇和島東高校のホームページへ

・Journal of Bacteriology誌に平田先生の論文が受理されました。
・オープンキャンパスが実施されました。

2019.07
・福本くん、平田先生、堀が第21回日本RNA学会年会(東京)に参加してきました。
学会のページへ

・研究室の歴代・現役メンバーが集まって、私(堀)の還暦のお祝いの会を開いてくれました。
できごとのページへ

・山下さんが太陽石油の奨学生に採用されました。
・M2発表会が開催されました。
できごとのページへ

2019.04
・新メンバーで研究室がスタートしました。

2019.03
・卒業式・修了式・学位記授与式が行われました。
できごとのページへ

2019.02
・卒論発表会が開催されました。みなさん、お疲れさまです。
できごとのページへ

・Frontiers in Genetics誌に総説が受理されました。
・修論発表会が開催されました。
できごとのページへ

2019.01
・新年明けましておめでとうございます。
・堀が、メキシコで開催されたRibosome Meetingに参加してきました。

2018.12
・忘年会を開催しました。

2018.11
・第41回日本分子生物学会年会に、上崎くん、福本くん、堀が参加してきました。
・実験医学12月号に、「RNA修飾の宝庫、tRNA研究の最前線」という27th tRNA Conferenceに関する記事が掲載されます。

2018.10
・仮配属の三回生が決まりました。また、研究室の人口が増加し、若返りました。
・三回生の歓迎会を開催しました。
・山上くん、東口さん、ご夫妻が研究室を訪問してくれたので、生命科学実験の様子とともに、研究室風景のページを更新してみました。
研究室風景のページへ

・Microorganisms誌に総説が受理されました。

2018.09
・堀および平田先生が、ストラスブール(フランス)で開催された27th tRNA Conferenceに参加してきました。

2018.08
・大学院入試がありました。みなさん、お疲れさまです。

2018.07
・荒川さんが、工学部の安全衛生キャンペーン「危険を探せ」で優秀賞を受賞しました。

・堀、平田先生、荒川さん、河野くんの4名が第20回日本RNA学会年会(ホテルフクラシア大阪ベイ)に参加してきました。
学会のページへ

・応用化学コースM2発表会が開催されました。上記学会に出張のため欠席し、どうもすみませんでした(堀)。

2018.06
・堀が高校生向け進学イベント「夢ナビライブ」(インテックス大阪)で、3分間トーク、30分間講義と愛媛大学の広報活動を行ってきました。久しぶりに高校生相手の学外活動を担当しましたが、30分間講義で配布した工学部のパンフレットも完売御礼の状態で、自分としては頑張った感があります。

3分間トークはこちら

一月後に公開されました。自分がしゃべっているのを見ると自己嫌悪になりますが、話の中身は案外悪くなかったなと思います。


2018.04
・新年度が始まりました。研究室がずっとスリムになってのスタートです。

2018.03
・卒業式・修了式・学位授与式が開催されました。みなさん、おめでとうございます。
できごと記事へ

夜は、卒業修了祝賀会と研究室のお別れ会が開催されました。
できごと記事へ

・山上くんのTrmFOの論文が、Journal of Biochemistry誌に受理されました。

2018.02
・卒論発表会が開催されました。みなさん、お疲れさまです。
できごと記事へ

・大学院入試(二次募集)がありました。
・修論発表会が開催されました。
 みなさん、お疲れさまです。
できごと記事へ

2018.01
・平田先生、臼井くん、小西くん、福岡さんが高輝度放射光施設(SPring-8)で測定してきました。
・第9回日本ポリアミン学会年会(関西学院大学、兵庫)で堀が発表してきました。
・2014年に書いた総説が、Frontiers Research TopicsシリーズのeBookに集録されました。
・新年明けまして、おめでとうございます。本年もよろしくお願いします。

2017.12
・金田さんの論文がNucleic Acids Res.誌に受理されました。平田先生チームのスプライシングエンドヌクレアーゼの仕事です。
全学HPへ

・臼井くん、小西くん、平田先生が高輝度放射光施設(SPring-8)で測定してきました。
・堀、平田先生、上田くん、玉井くん、上崎くんが神戸で開催されたConBio2017に参加してきました。
学会記事へ

2017.11
・玉井くんと堀が、産業技術総合研究所・臨海副都心センター・創薬部門の鴫先生を訪問してきました。
・中嶋さんの論文が日本ポリアミン学会の機関誌Polyamine の最新研究紹介で取りあげられました。
・平田先生、臼井くん、小西くんがつくばで開催された極限環境生物学会年会に参加してきました。臼井くんが、優秀ポスター賞を受賞しました。
学会記事へ

極限環境生物学会ポスター賞記事へ

全学HPへ

・研究室OBの豊岡くんが来訪してくれました。
卒業生のページ22へ

・平田先生、臼井くん、小西くん、福岡さんが高輝度放射光施設(SPring-8)で測定してきました。

2017.10
・冨川先生の論文がJ. Biochem.誌に受理されました。
・三回生の歓迎会を開催しました。
できごと記事へ

・仮配属の三回生が決まりました。
・山上くん・東口さんご夫妻がアメリカから一時帰国して研究室を訪問してくれました。
できごと記事へ

2017.09
・岐阜大学の横川先生が大学院集中講義のため来学されましたので、セミナーを開催しました。
・東京農大の田口先生が来られました。
・冨川先生の論文がJ. Biochem.誌に受理されました。

2017.08
・大学院入試が行われました。みなさん、お疲れさまです。

2017.07
・河野くん、福本くん、堀が富山で開催された第19回日本RNA学会に参加してきました。
学会記事へ

・M2発表会が開催されました。

2017.06
・大阪市立大学・大学院工学研究科・化学生物系専攻で、集中講義とセミナーを行なってきました。

2017.05
・東京大学・大学院新領域創成科学研究科・メディカル情報生命専攻で、大学院講義の一環として、セミナーを行なってきました。

2017.04
・中嶋さんの論文がGenes to Cells誌に受理されました。
・新年度が始まりました。研究室がずっとコンパクトになってのスタートです。荒川くんが新メンバーに加わりました。
・卒業生のページと教員・メンバー紹介をを更新しました。
卒業生のページ19へ

2017.03
・卒業式・学位授与式・卒業修了祝賀会が開催されました。
できごと記事へ

・久しぶりに研究室風景のページを更新しました。
研究室風景2016へ

2017.02
・修論発表会が開催されました。
できごと記事へ

・卒論発表会が開催されました。
できごと記事へ

・Biomolecule誌にSPOUT tRNA methyltransferaseの総説を発表しました。
著書・総説のページへ

2017.01
・新年明けましておめでとうございます。

2016.12
・忘年会を開催しました。
できごと記事へ

・越智くん、伊藤さん、中嶋さん、堀の4名で理化学研究所・横浜研究所を見学してきました。

2016.11
・伊藤さん、中嶋さんが第39回日本分子生物学会で発表しました。堀は、セッションRNA -RNPの座長を担当しました。
・山内さんと平田先生が極限環境生物学会で発表しました。
学会記事へ

2016.10
・渡辺公綱先生がご逝去されました。享年75歳。渡辺先生は、堀の元指導教員です。
・基礎生物学の授業が大学HPで紹介されることになり、広報の方が取材に来られました。
大学HPへ

・三回生の歓迎会を開催しました。
できごと記事へ

・仮配属の三回生が決まりました。研究室メンバーの数が、過去最大となりました。

2016.09
・Extremophiles 2016 (Kyoto)で、中嶋さんと平田先生が発表してきました。
学会記事へ

・tRNA Conference 2016 (済州・韓国)で堀が発表してきました。

2016.08
・大学院入試がありました。みなさん、お疲れさまです。

2016.07
・応用化学コースM2発表会が開催されました。
できごと記事へ

・堀がRibosome Structure and Function 2016 (ストラスブール・フランス)に参加してきました。
学会記事へ

・平田先生、上田くんが第29回日本Archaea研究会(東洋大学)で発表してきました。

2016.06
・堀および平田先生がRNA 2016 in Kyotoで発表してきました。
学会記事へ

・平田先生の論文が、Nucelic Acids Res.誌に受理されました。
学報記事へ

2016.04
・山上くんのTrmFOの論文がGenes to Cells誌に受理されました。
・新年度が始まりました。メンバーがずっと若返ってのスタートです。

2016.03
・修士号学位授与式、卒業式、修了卒業祝賀会が開催されました。
・河村くんの博士号学位授与式が開催されました。
できごと記事へ

・第11回愛媛大学学術フォーラムで発表しました。
大学HP記事へ

・河村くんがトマス・ジェファーソン大学(USA)のDr. Kirino研究室を訪問してきました。

2016.02
・卒論発表会が開催されました。
できごと記事へ

・修論発表会が開催されました。
できごと記事へ

・山上くんがペンシルバニア州立大学(USA)のProf. Bevilacqua研究室を訪問してきました。
・河村くんの博士号学位審査公聴会が開催されました。
できごと記事へ

2016.01
・東京大学の鈴木健夫先生が、応用化学科セミナー・ミニシンポジウムの講師として来学されました。
応用化学科セミナーのページへ

・新年あけましておめでとうございます。本年も、よろしくお願いします。

2015.12
・中嶋さんが、フランス国立科学研究所・統合細胞生物学研究所で測定をおこなってきました。
できごと記事へ

・平田先生、岡田くんがフォトンファクトリーで測定を行ってきました。
・河村くんを第一著者とする論文が、Nucleic Acids Res.誌に受理されました。
愛媛大学ホームページ記事へ

・フランス国立科学研究所・統合細胞生物学研究所のFourmy教授とYoshizawa教授ご夫妻が来学されたので、セミナーをお願いしました。
できごと記事へ

2015.11
・堀が有意義な審査意見を付した科研費審査員として、日本学術振興会から表彰されました。
学科ホームページ記事へ

愛媛大学ホームページ記事へ

・堀のポリアミンの論文が、Journal of Biochemistry誌に受理されました。
・Modified Nucleic Acids in Biology and Medicineという本(Springer)のチャプターを堀、山上くん、冨川先生の3名で書きました。
著書総説のページへ

・平田先生が第16回極限環境生物学会(東京海洋大学)で発表してきました。
・堀、平田先生、岡田くんが第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同年会(BMB2015)(神戸)で発表してきました。

2015.10
・シンガポール・南洋理工大学の内田 玲先生が来学され、セミナーを開催しました。
・9名のメンバーが仮配属されました。いきなり大所帯になった感じです。

2015.08
・大学院入試がありました。みなさん、お疲れさまです。
・山上くん、河村くん、平田先生がチリで開催されたThermophiles 2015で発表してきました。
学会発表の記事へ

2015.07
・中嶋さん、山上くん、堀の3名が共和化工株式会社・環境微生物学研究所・大島研で、測定を行ってきました。
・中嶋さんが、第17回日本RNA学会年会(札幌)で発表してきました。
・河村くん、長谷川くん、藤井くん、山上くん、堀が日本Archaea研究会第28回講演会(松山)で発表してきました。山上くんと私(堀)は、シンポジウム講演を行ない、私は大島先生の発表の座長を務めました。また、平田先生が世話人でした。
日本Archaea研究会HPへ

学会記事へ

・M2発表会が開催されました。
できごと記事へ

・フランス国立科学研究所・Yoshizawa博士が来学され、セミナーを行なっていただきました。

2015.05
・楠葉くんのDusの論文が、Journal of Biochemistry誌に受理されました。

2015.04
・新たに6名のメンバーが正式に加わり、新年度がスタートしました。山上くんは、日本学術振興会・特別研究員PDとしてのスタートです。
・研究室を三号館へ引越ししました。
・南山堂医学大辞典第20版が出版されました。堀は、著者の一人です。
著書総説のページへ

・岐阜大学の能村 友一朗さんが来られたので、セミナーを開催しました。

2015.03
・卒業式・修了式・学位授与式が開催されました。山上くんが博士号の学位を授与され、風山さんは早期修了となりました。また、4名が修了し、8名が卒業しました。みなさん、おめでとうございます。
できごと記事へ

2015.02
・卒論発表会、修論発表会が開催されました。
できごと記事へ

・山上くんのD論発表会が開催されました。
できごと記事へ

2015.01
・河村くんが応用化学科セミナーD2発表会で、発表しました。
応化セミナーの記事へ

・Prof. Nicolas Leulliot (University Paris 5)が来学されたので、セミナーをお願いしました。Leulliot先生は、高井研の冨川先生が呼ばれたのですが、Trm8-Trm82で先導的な仕事があり、当研究室にはなじみの深い方です。
できごと記事へ

2014.12
・風山さんの論文が、Journal of Biochemistry誌に受理されました。
・詫間くんの論文が、Journal of Biological Chemistry誌に受理されました。
・漫画家の高須賀由枝先生との対談記事が日本RNA学会報に掲載されました。
日本RNA学会報記事

・第208回応用化学科セミナーで、平田先生が発表しました。
応化セミナーの記事へ

2014.11
・河村くん、風山さん、山上くん、金田さん、杉野くん、東口さん、前田くん、平田先生が、第15回極限環境生物学会(沖縄)で発表してきました。平田先生が第15回極限生物学会奨励賞を受賞しました。

学報記事へ


学会発表の記事へ

・河村くん、安楽くんを分割第一著者とする論文が、International Journal of Molecular Sciences誌に受理されました。
・楠葉くん、大森さん、平田先生が第37回日本分子生物学会年会(横浜)で発表してきました。

2014.10
・7名のメンバーが仮配属されました。
・平田先生を共著者とする論文が、Nature Commun.誌に受理されました。平田先生は、分割Corresponding authorの一人です。
・ソフトボール大会が開催されました。
できごと記事へ

2014.09
・山上くん、風山さんの二人が、フランス国立科学研究所で14日間、測定を行ってきました。
できごと記事へ

・ギリシャで開催された25th tRNA Conferenceで、風山さん、山上くん、堀が発表してきました。
学会発表の記事へ

・楠葉くんが、第4回モデル生物丸ごと一匹学会(大阪大学)で発表してきました。

2014.08
・大学院入試がありました。みなさん、お疲れさまです。

2014.07
・堀が、第3回長鎖非コードRNA研究会(埼玉医科大学)で発表してきました。
・平田先生、山上くん、風山さん、堀が第16回日本RNA学会年会(名古屋)で発表してきました。
・フランス国立科学研究所・Yoshizawa博士が来学され、セミナーを行なっていただきました。
・M2発表会が開催されました。

2014.06
・Encyclopedia in Life Sciences誌に、総説"Transfer RNA synthesis and regulation"を発表しました。
著書総説のページへ

・平田先生が、第14回蛋白質科学会(横浜)で発表してきました。

2014.05
・Frontiers in Genetics誌に総説「Methylated nulceosides in tRNA and tRNA methyltransferase」を発表しました。tRNA特集号の依頼総説です。
著書総説のページへ

・慶応義塾大学先端生命科学研究所の金井昭夫先生が、大学院集中講義で来学され、セミナーを開催していただきました。

2014.04
・新学期が始まりました。今までにない大人数での研究室のスタートです。
・堀が日本RNA学会評議員に選出されました。学会のため、微力ながら、お手伝いしたいと思います。

2014.03
・卒業修了祝賀会が開催されました。

2014.02
・卒論・修論発表会の打ち上げをやりました。
・卒論発表会が開催されました。
できごと記事へ

・修論発表会が開催されました。
できごと記事へ

2014.01
・第198回応用化学セミナー・ミニシンポジウムで、大島泰郎先生(共和化工)がご講演され、私が座長を務めました。
応用化学科セミナーのページへ
できごと記事へ

・京都大学で測定してきました。
・山上くんと風山さんが、フランス国立科学研究所(CNRS)へ、測定のため出かけました。今回は、2週間という派遣です。
・山上くんが、第197回応用化学セミナーD2発表会で発表しました。
応用化学科セミナーのページへ

・第7回愛媛大学学術フォーラムで「RNA科学の拠点形成」について発表しました。
愛媛大学HPへ

・新年明けまして、おめでとうございます。

2013.12
・分子生物学会(神戸)に安楽くん、風山さん、私が参加してきました。
・高輝度放射光施設(SPring-8)で測定を行なってきました。

2013.11
・岐阜大学で測定とセミナーを行なってきました。
できごと記事へ

・高輝度放射光施設(SPring-8)で測定を行なってきました。

2013.10
・2013年度極限環境生物学会で、西山くん、前田くんが発表してきました。
・生化学10月号に「英語論文セミナー、21世紀の分子生物学」の書評が掲載されます。
著書総説のページへ

・山上くんが、日本学術振興会・特別研究員DC2に内定しました。
・高輝度放射光施設(SPring-8)で測定してきました。
・3回生の配属メンバーが決まりました。
7名という久しぶりの大人数です。

2013.09
・風山さんの早期卒業卒業式が挙行されました。
できごと記事へ

・河村くんが、カナダで開催されたRiboclub2013の発表のためでかけました。
学会記事へ

・第3回モデル生物丸ごと一匹学会でメンバー3人が発表してきました。
学会記事へ

・弘前大学でセミナーを2つ行なってきました。
・冨川さんの論文がFEBS Letters誌に受理されました。
・平田先生がドイツで開催されたThermopliles 2013で発表してきました。
・山上くんが共同研究のため、フランス国立科学研究所(CNRS)にでかけました。
・風山さんの早期卒業卒論発表会が開催されました。
できごと記事へ

2013.08
・日本RNA学会年会の打ち上げをやりました。
・大学院入試がありました。みなさん、お疲れ様です。

2013.07
・第15回日本RNA学会を開催しました。たくさんの方々に、松山まで来ていただいて、年会事務局一同、厚く御礼申し上げます。
年会ホームページへ

・越智さんの論文がJ. Biol. Chem.誌に受理されました。
・SPring-8で測定してきました。
・堀研メンバー4名が、第13回SPring-8夏の学校に参加してきました。
できごと記事へ

・応用化学コースM2発表会でメンバー5名が発表しました。
できごと記事へ

2013.06
・平田先生が第13回蛋白質科学会(鳥取)で発表してきました。
・iGEM2012 Team Ehime-Japanの活動が、愛媛大学・学生による調査研究プロジェクト・プロジェクトEの最優秀賞に選ばれました。
愛媛大学HP記事へ

2013.05
・愛媛県出身の漫画家・高須賀由枝さんと集英社・クッキー編集長の今井さん、編集部の増田さんが取材のため、研究室を訪問してくれました。
できごと記事へ

2013.04
・実験医学増刊号「生命分子を統合するRNA-その秘められた役割と制御機構」にtRNA修飾と機能に関する総説を書きました。
著書総説のページへ

・第15回日本RNA学会年会のホームページとポスターができました。
・新年度が始まりました。新たに6人が正式にメンバーに加わりました。
・居合わせたメンバーでお花見に行きました。

2013.03
・卒業式・修了式・卒業祝賀会が開催されました。卒業生5名、修了生6名、そのうち6名が研究室を離れます。
できごと記事へ

・杉野くんが愛媛大学成績優秀賞(学長表彰)を授与されました。
できごと記事へ

2013.02
・卒論発表会が開催されました。
できごと記事へ

・修論発表会が開催されました。当研究室始まって以来の6名という大人数が発表しました。みなさん、お疲れさまでした。
できごと記事へ

・Nucleic Acids Res.誌に、岡山大学の渡辺和則先生と共著の論文が出ました。

2013.01
・SPring-8で測定してきました。
・長野さんが京都大学で実験してきました。
・新年明けまして、おめでとうございます。本年もよろしくお願いします。

2012.12
・堀研7名が、第35回日本分子生物学会で発表してきました。

2012.11
・平田先生が、極限環境生物学会で発表してきました。
・岐阜大学で集中講義を担当し、セミナーを行なってきました。
・堀研が応用化学科ソフトボール大会で優勝しました。
できごと記事へ

2012.10
・第184回応化セミナーで、講師を務めました。(堀)
応用化学科セミナーへ

・西山くんが星川奨学会第9回懇談会に出席してきました。
学報記事へ

・山上くんのTrmFOの論文が、J. Biol. Chem.誌に受理されました。東京大学のグループとの共同研究です。
・三回生の歓迎会を開催しました。
・香港で開催されたiGEM2012アジア大会に、応用化学科および農学部の2回生とともに参加してきました。
iGEM2012 Ehime-Japan Team Wikiへ

学報記事へ


できごと記事へ


愛媛新聞記事へ

・配属の三回生が決まりました。
・フランスCNRSのYoshizawa先生が来学され、セミナーを開催していただきました。

2012.09
・第2回モデル生物丸ごと一匹学会に、堀研4名が参加してきました。
学会記事へ

・スペインで開催されたExtremophiles 2012に平田先生、山上くん、河村くんの3人が参加し、帰路、フランス・CNRSを見学してきました。
学会記事へ

2012.08
・大学院入試がありました。みなさん、お疲れ様です。
・平田先生の論文がNucleic Acids Res.誌に受理されました。慶応大学、米国航空宇宙局(NASA)、カリフォルニア大学・バークレー校との共同研究です。

・パナソニック・ヘルスケア社の研究員・曽我部さんが、しばらく当研究室で実験をすることになりました。曽我部さんは、当研究室のOBです。

2012. 7
・みなで、ビアガーデンに行きました。
できごと記事へ

・堀研・3名が、第14回日本RNA学会年会(仙台)で発表してきました。私(堀)が、来年度の年会長を担当することが決まりました。RNA学会員のみなさん、来年は松山にお越しください。
学会記事へ

・平田先生が、第25回アーキア研究会(兵庫)で発表してきました。

・M2発表会が開催されました。堀研からは、M2、5名が発表しました。
できごと記事へ

2012. 6
・河村くんが吉田育英会奨学生に内定しました。全国で5名(生物系では1名?)しか採用されない奨学金です。このところ、大学院生の超難関奨学金採用が続いており、ちょっと驚いています。ありがとうございます。
・新居浜高専科研費説明会で、講師を務めてきました。

2012. 5
・渡辺 公綱先生(東京薬科大学・客員教授、東京大学・名誉教授、元産総研生物情報センター長、元RNA学会会長)が、来学されましたので、セミナーを行なっていただきました。
できごと記事へ

・平田先生、西山くん、山上くん、河村くんがSPring-8で測定してきました。
研究室風景記事へ

・西山くんが星川奨学生に採択されました。

2012. 4
・山上くんに那須奨学金が授与されました。
・高井研と合同でお花見に行きました。
研究室風景記事へ

・新年度がスタートしました。堀研にあらたに、5名が加わりました。

2012. 3
・研究室風景2011年度(秋・冬)をアップしました。学科長をやっていて、更新できていなかった分を、まとめてアップしました。
研究室風景トップへ

・卒業式、学位授与式、卒業祝賀会が開催されました。
・日本RNA学会の学会報 No. 25で、RNA 2011 in Kyotoの学会参加記事を書きました。

2012. 2
・卒論発表会が開催されました。
できごと記事へ

・修論発表会が開催されました。
できごと記事へ

2012. 1
・第3回愛媛大学学術フォーラムで発表しました。
できごと記事へ

・J. of Experimental Medicineに論文が受理されました。臨床医学の最高峰のジャーナルの一つ(インパクトファクター14.5)です。ドイツのProf. Bauerとの共同研究です。TrmHの研究が、まさかヒト免疫学の分野とリンクするとは思いませんでした。(堀)
・新年明けまして、おめでとうございます。

2011.12
・堀研・5名が第34回日本分子生物学会で発表してきました。山上くんが口頭発表にピックアップされました。
学会記事へ

・平田先生と西山くんがSPring-8で測定してきました。

2011.11
・北海道大学GCOE講演会で、講演してきました。
できごと記事へ

・ISNAC2011(札幌)で詫間くんが発表してきました。

2011.10
・仮配属の三回生5名が決まりました。

2011.09
・Thermophiles2011(アメリカ・モンタナ州)で、堀研5名が発表してきました。
学会記事へ

2011.08
・RNAフロンティアミーティング(愛知県・大府市)で、長野さん、西田くんが発表してきました。
学会記事へ

・大学院入試がありました。みなさん、お疲れさまでした。
・The 1st Annual Meeting for Whole-Organism Science Society Joint Meeting with the 10th Annual Meeting of Structural-Biological Whole Cell Project of Thermus thermophilus HB8 (RIKEN Harima Inst., SPring-8)で、発表してきました。
学会記事へ

・未来の科学者養成講座で、済美高校の学生さんが当研究室で体験実験をしました。私(堀)が他の仕事にかかりきりだったので、平田先生、山上くん、長野さんが対応してくれました。
できごと記事へ

2011.07
・当研究室のOBで、東京大学・アイソトープ総合科学センター特任助教の渡辺先生が応用化学科セミナーミニシンポジウムで講演されました。私(堀)が座長を務めました。
できごと記事へ

・粟井さんのTrm1の論文がJ. Biol. Chem.誌に受理されました。東京大学、理化学研究所との共同研究です。
・平田先生、北嶋くんの分割第一著者の論文が、Nucleic Acids Res.誌に受理されました。

2011.06
・応用化学科M2発表会が開催されました。
できごと記事へ

・RNA2011の後、フランスCNRSチーム・Dr. Blaudたちが松山を訪れてくれました。
できごと記事へ

・RNA2011で発表してきました。
学会記事へ

・長野さんと平田先生が京都大学で実験してきました。
できごと記事へ

2011.05
・学報で紹介されました。
学報記事へ

2011.04
・居合わせたメンバーでお花見に行きました。
できごと記事へ

・仮配属三回生のうち、6人が研究室メンバーに加わりました。

2011.03
・卒業式・修了式が挙行され、夜は卒業送別会が開催されました。長野さんが、全学卒業生総代に選ばれ、河村くんが日本化学会・中国四国支部支部長賞を受賞しました。
できごと記事へ

学報記事へ

・修論発表会が開催されました。
できごと記事へ

2011.02
・卒論発表会が開催されました。
できごと記事へ

・高輝度放射光施設(SPring-8)へ測定に行きました。
できごと記事へ

・京都大学へ測定にいきました。
できごと記事へ

・大西さんが、農学部の大学院入試に合格しました。おめでとうございます。

2011.01
・韓国ウルサン大学のハン先生が、当研究室を来訪されました。
できごと記事へ

・冨川さんが、上原記念生命科学財団・海外ポストドクトラルフェローシップに採択されました。4月から、フランス国立科学研究センター(CNRS)で研究を行ないます。
・新年あけましておめでとうございます。
本年もよろしくお願いします。

2010.12
・越智さんが、日本学術振興会・特別研究員PDに採択されました。来年4月からは、北海道大学で研究を行ないます。
・堀研6名が、第33回日本分子生物学会年会(神戸)に参加してきました。平田先生が口頭発表演題に選ばれました。
学会記事へ

2010.11
・冨川さんが、フランスCNRS-GIF研究所のVisiting Researcher(2ヶ月派遣)として出かけました。まずは、フランスで開催されているRNA Meetingに参加したそうです。
・冨川さんと私(堀)の総説が、「RNA degradation」という本に掲載されることが決まりました。
・京都大学で実験して来ました。
・第11回極限環境生物学会(京都)で、平田先生がポスター賞を受賞しました。
学会記事へ

・岡崎・分子研で実験してきました。
できごと記事へ

・石田くん、国林くん、冨川さんの分割第一著者の論文が、Nucleic Acids Res.誌に受理されました。

2010.10
・仮配属の三回生、7名が決まりました。
・東京大学へ測定に行きました。

2010. 9
・山上くんが、プロテイン・アイランド・松山国際シンポジウムで発表してきました。
学会記事へ

・応用化学科ソフトボール大会で、堀研が準優勝しました。
できごと記事へ

・冨川さんの早期修了の博士号学位授与式が開催されました。
できごと記事へ

・M2発表会が開催されました。堀研究室からは4名がポスター発表をしました。
できごと記事へ

・冨川さんの早期修了博士号学位公聴会、審査会が開催されました。
できごと記事へ

2010. 8
・大学院入試がありました。みなさん、お疲れさまでした。
・第9回高度好熱菌連携会議(SPring-8)に、4人が参加してきました。
冨川さんがWhole Cell賞を受賞しました。
学会記事へ

学報記事へ

・岡崎分子研のサマースクールに、修士のメンバー6人が参加しました。
できごと記事へ

2010. 7
・日本RNA学会に参加してきました。
学会記事へ

・東京大学で測定してきました。
・岡崎・分子研で測定してきました。
できごと記事へ

2010. 6
・SPring-8で測定してきました。
できごと記事へ

・「研究室からこんにちは 4」が出版されました。私(堀)が出演した南海放送のラジオ番組のダイジェスト版です。
・京都大学で測定をしてきました。

2010. 5
・イタリアで開催されたRibosome 2010に参加してきました。

2010. 4
・新メンバーで松山城にお花見に行きました。
できごと記事へ

・新学期が始まりました。堀研に、あらたに10人のメンバーが加わりました。

2010. 3
・卒業式、修了式、学位授与式、祝賀会が開催されました。越智さんが、理工学研究科・博士号学位授与者総代を務めました。
できごと記事へ

・東京薬科大学で培養をしてきました。
できごと記事へ

・修論発表会が開催されました。
できごと記事へ

2010. 2
・卒論発表会が開催されました。
できごと記事へ

・粟井さん、越智さんの博士論文公聴会・学位審査会が開催されました。
できごと記事へ

2010. 1
・堀研5人が、ポルトガルで開催された23rd tRNA workshopに参加してきました。
学会記事へ

・越智さんの論文が、J. Biol. Chem.誌に受理されました。
・新年明けましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。
2009.12
・平田先生の総説が、Current Opinion in Structural Biology誌に掲載されました。
著書・総説記事へ

・第32回日本分子生物学会年会へ、堀研6名が参加してきました。私(堀)は、最終日の「翻訳」のセッションのディスカッサーでした。
学会記事へ

・高輝度放射光施設(SPring-8)で測定をしてきました。平田先生を中心に4人で一週間という長期日程でした。
できごと記事へ

2009.11
・私(堀)が、神戸大学・大学院で集中講義とセミナーをしてきました。
・南海放送「愛媛大学・研究室からこんにちは」に、出演しました。
愛媛大学ホームページ記事へ

・第16回観てさわって体験、科学フェスティバルに、平田先生を中心として、ブースNo. 18 「作って弾んでスーパーボール」を出展しました。
工学部ホームページへ

・私(堀)と越智さんが、岡崎・分子研で測定してきました。
できごと記事へ

・北嶋くんが、MHS2009国際学会(名古屋)で発表してきました。
・岡田くんと山下くんが、2009年日本化学会・西日本大会(松山)で発表しました。
学会発表へ

2009.10
・松山南高校スーパー・サイエンス・ハイスクール事業・大学研究室体験で、2名の高校生が堀研究室で実験しました。
できごと記事へ

・平田先生が極限環境微生物学会で発表してきました。
学会発表へ

・冨川さんの論文が、Nucleic Acids Res.誌に受理されました。岐阜大学、京都大学との共同研究です。
・平田先生が第82回日本生化学会(神戸)で招待講演をしてきました。
2009. 9
・岡田くんが、国際核酸化学シンポジウム(高山)で発表してきました。
学会発表へ

・岡田くん、山内くんが、プロテインアイランド松山国際シンポジウムで発表してきました。
学会発表へ

・大学研究室見学で、松山西中等教育学校の学生さんたちが来ました。
・仮配属の三回生8人が決まりました。過去にない大人数です。
・弘前大学の姫野先生が、大学院集中講義のため、来学されました。研究室でセミナーもおこなっていただきました。
できごと記事へ

・大学院入試の結果が発表されました。みなさん、お疲れさまでした。山上くん、おめでとうございます。
2009. 8
・第8回高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携会議(理研・播磨、SPring-8)で、堀研3人が発表してきました。
・A-IMBN Researchで、TrmFOの研究成果が、Highlightsに選ばれました。A-IMBN Researchは、Nature Publishing Groupが、アジア・太平洋地域のインパクトある生命科学研究を紹介するインターネット・ジャーナルです。
2009. 7
・堀研メンバー4人が、第11回日本RNA学会(新潟)で発表してきました。
・平田先生、越智さん、北嶋くんが、京都大学とSPring-8で測定してきました。
・冨川さんが京都大学で実験してきました。
2009. 6
・冨川さんが応用化学科セミナーD2発表会で発表しました。
・粟井さんの論文がJ. Biol. Chem.誌に受理されました。東大、岐阜大、理化学研究所との共同研究です。
2009. 5
・生化学誌に平田先生のミニレビューが掲載されました。また、私(堀)の解説記事が、「ことば」欄に載っています。
・中村くんと岩下さんの結婚お祝いの会を開きました。おめでとうございます。
・平田先生が応用化学科セミナーで講師をつとめました。
2009. 4
・Proc. Natl. Acad. Sci. USA誌に論文が受理されました。東京大学・医科学研究所との共同研究です。
・研究室に新たに6人のメンバーが加わりました。
2009. 3
・卒業式、修了式、祝賀会がありました。
・北嶋くんが、科研費特定領域研究「バイオ操作」第7回公開シンポジウム(仙台)で発表してきました。
・平田先生、越智さんが、東京大学・濡木研と共同で高輝度放射光施設(SPring-8)で測定してきました。
2009. 2
・平田先生、越智さん、北嶋くんが高輝度放射光施設(SPring-8)で実験してきました。
・冨川さんが、東京大学・新領域・津本研で実験してきました。
・応用化学科修論・卒論発表会がありました。
2009. 1
・越智さんが、応用化学科セミナーD2発表会で発表しました。
・京都大学で実験してきました。
・明けましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。
2008.12
・仮配属の卒研生5人が決まりました。
・第81回日本生化学会・第31回日本分子生物学会合同年会(BMB2008)に、堀研12人が参加してきました。
・京都大学で実験してきました。
・応用化学科M1発表会で、堀研7人が発表しました。
2008.11
・越智さんが、日本学術振興会・特別研究員DC2に採択されました。
・粟井さんの申請課題が、理工学振興会助成に採択されました。
・東京大学・医科学研究所・濡木研を訪問してきました。
・粟井さんが名古屋で開かれたMHS2008国際学会で発表してきました。
2008.10
・冨川さんが、科研費・特定領域「バイオ操作」非公開班会議で発表してきました。
2008.9
・大学院入試の結果が発表されました。山内くん、おめでとうございます。
・堀先生と岡田くんが、熊本で開催された5大学連携教育シンポジウムで発表してきました。
・宗吉くんが、プロテインアイランド松山国際シンポジウムで発表してきました。
・冨川さんが、ギリシャで開かれたFEBS ミーティングに参加し、帰路、フランスのCNRS オルセー研究所を見学してきました。
・高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト・理研連携会議(SPring-8)に、平田先生と大学院生4人が参加してきました。
2008.8
・あいだい博2008に、堀先生と越智さんのポスターを出展しました。
・横浜市大の林 郁子先生が、応用化学科ミニシンポジウムで講演されました。
・平田 章先生が助教として着任されました。
2008.7
・第10回日本RNA学会年会(札幌)で、堀研4人が発表してきました。
2008.6
・越智さんが愛媛大学学術交流セミナー -研究開発支援経費公開ヒアリング-で発表しました。
・粟井さんが応用化学科セミナーD2発表会で発表しました。
・ 第6回科研費特定領域「バイオ操作」公開シンポジウム (京都) で発表してきました。
2008.5
・豊岡くんの論文が、Genes to Cells誌に受理されました。京都大学との共同研究です。
2008.4
・新学期がスタートしました。
・堀研に、新たに4人のメンバーが加わりました。
2008.3
・卒業式、学位授与式、卒業修了祝賀会が行なわれました。
・冨川さんが、日本化学会中四国支部・支部長賞を受賞しました。
・岐阜大学・西川研に実験を習いに行ってきました。
・第5回科研費特定領域「バイオ操作」公開シンポジウム (名古屋) で発表してきました。
2008.2
・群馬大学・工学研究科の行木信一先生とメディネット先端医科学研究所の只木敏雅先生が応用化学科セミナーのため、来学されました。
・平成19年度卒論、修論発表会が行なわれました。
2008.1
・新年明けましておめでとうございます。本年もよろしくお願いいたします。
2007.12
・冨川さんが日本学術振興会・特別研究員に内定しました。
・仮配属の三回生3人が決まりました。
・横浜で開催された分子生物学会・生化学会合同年会で堀研メンバー5人が発表してきました。
・M1発表会で、堀研6人が発表しました。
2007.11
・堀研メンバー4人が、スェーデンで開催されたtRNA workshopで発表してきました。
・名古屋で開催されたMHS2007国際学会で発表してきました。
・フランス、パリ大学のGrosjean教授が堀研を訪問してくれました。セミナーを行なっていただいたほか個別にディスカッションしていただき、お礼に松山をご案内しました。
・阿部先生の論文がJ. Biol. Chem.誌に受理されました。
・東京で開催された第5回国際核酸化学シンポジウムで発表してきました。東京大学・鈴木研と日本医科大学・西野研を訪問してきました。
・松本さんの論文が、J. of Biotechnol.誌に受理されました。
2007.10
・理化学研究所・ゲノム科学総合センターの村松 知成先生が応用化学科セミナーで講演されました。

野利本くんら4名を徳島大学へ派遣




第44回日本分子生物学会年会(横浜)



久しぶりの対面での学会参加です。


化学・生命科学演習



新3回生を対象に、化学・生命科学演習を実施しました。


山上先生が助教として着任されました。




卒業式の日に居合わせたメンバーで写真を撮りました。




令和2年度修論発表会



今年の修論発表のメンバーです。4人とも難しいテーマを担当しましたが、修論発表の内容の評価は高かったです。


山下さんを徳島大学へ派遣



嫌気培養装置の立ち上げや、試薬調製のために、山下さんを徳島大学の平田先生の元へ派遣しました。


eLS (Hori et al.)の総説の紹介
eLSは、イギリスの学術出版社:Blackwellが出している電子百科事典で、欧米の大学の図書館などに導入されています。百科事典と言いながら、内容は総説集です。我々は、2015年にTransfer RNA Synthesis and Regulationという総説を執筆しましたが、5年を経過して古くなったので書き直して欲しいという依頼が、編集部からありました。前のバージョンは、渡辺公綱先生がCorresponding authorでしたが、2016年に亡くなられ、残されたメンバーでアップデート版を作成することにしました。なお、アップデート版の作成にあたっては、渡辺先生の奥様の許可もいただきました。
 で、実際にやってみると、渡辺先生が書かれた部分を削るのは忍びなく、新たな項目を書き足すばかりになってしまい、今度は字数制限に引っかかるという状況で、四苦八苦しました。それでも、新たに61報の文献が加わり、46ページの本のような総説が完成しました。
 tRNA前駆体の転写、プロセシング、スプライシング、修飾から半減期、断片化、タンパク質合成系の制御、tRNA様small RNAまでを語る前例のない総説です。


Journal of Biochemistry (Arakawa, Kamizaki et al.)の論文紹介



 固相化DNAプローブ法を用いて、tmRNAや16S rRNAなど長鎖non-coding RNAを精製することができ、DNAzyme切断と質量分析を組み合わせると、その配列を修飾ヌクレオシドレベルで解析できることを示しました。久しぶりのメソッド系論文です。関連技術の蓄積が多く、一度、情報を整理して公開することにしました。
 固相化DNAプローブ法によるRNAの精製は荒川さん、DNAzyme切断は上崎くんが分担しました。理化学研究所の直枝さん、竹本先生から精製したAla-RSを供給していただき、岐阜大学の横川先生の質量分析の支援を仰ぎました。ノーザン・ハイブリダイゼーション、アミノアシル化、ヌクレオシド分析などは、私(堀)の実験結果で、近年になく、私自身が実戦参加しています。
 そうそう、論文を書いていて気付いたのですが、この論文は、好熱菌の天然物tmRNAを精製した初めての報告でもあります。


令和1年度卒業・修了のメンバーです



新型コロナウィルス感染防止のため、卒業式・修了式は中止となってしまいましたが、居合わせたメンバーで写真を撮りました。


浅川先生(東京大学)来訪



浅川先生は、かつてヒトゲノム計画で、日本の最前線を支えたメンバーの一人ですが、今は、メダカをはじめとする水産物ゲノムの専門家です。私から見て、渡辺研の3つ下の後輩に当たります。バングラディシュからの留学生の方と一緒に来訪してくれました。


Nature Chemical Biology (Yokogawa et al.)の紹介



アーケオシンは、1980年代初頭に発見され、10年以上の時間をかけて構造決定された複雑な修飾ヌクレオシドです。1997年に生合成の第1ステップの酵素(ArcTGT)が発見され、2010年に遺伝子破壊株の解析から第2ステップに関わる遺伝子arcSが発見されましたが、30年近くに渡り、アーケオシン合成経路の全体像は未解明のままでした。
岐阜大学の横川先生は、この10数年、アーケオシン合成経路の全貌を解明すべく努力されてきました。我々は、2013年にThermoplasma acidophilumのtRNALeuに偶然、13位と15位にアーケオシンが存在することを発見(Tomikawa et al. FEBS Lett. (2013))し、アーケオシンやpreQ0などの標準化合物を保持されている横川先生に共同研究を打診しました。事態が動き始めたのは、マルチサイト特異性ArcTGTの存在を証明(Kawamura et al. Nucleic Acids Research (2016))するため、Thermococcus kodakarensisarcS遺伝子破壊株を、Thermoplasma acidophilumarcS遺伝子で相補する実験からでした。この実験系では、preQ0にアミノ酸のリジンが結合した中間体が蓄積しました(図の青の経路)。ここからの横川先生の頑張りはすごかったです。1000 A260ユニットの転写産物を用意して、13C-15N-標識リジンを取り込ませ、有機化学合成した標準化合物と比較しながら、質量分析とNMRで構造解析を行なうわ、比較ゲノム解析から新規ラジカルSAM酵素・RaSEAを発見し、ArcSとの複合体を嫌気的条件下で精製し、酵素活性を測定するわ....と、すさまじい勢いで仕事が進みました。
論文投稿時は、先行グループの仮説(図の黒の経路)を修正(否定)する内容だったので、どうなるかと心配しましたが、3人のレフリー全員が、好意的なコメントをくれました。tRNA修飾屋として、この歴史的な論文の共著者に加われたのは名誉なことだと思います。
そうそう、RaSEAは、C-N結合を開裂させる初のラジカルSAM酵素です。本研究は、生物が利用可能な新たな化学反応の発見の報告でもあります。

岐阜大学のプレスリリースはこちら


愛媛大学のプレスリリース(リンク)はこち


ちなみに、この論文、Nature Chemical Biology誌のNews and Viewsでも取り上げていただきました。ちょっと感激です。


3回生歓迎会



大街道で、お店の人に写真を撮ってもらいました。全員集合です。


Nucleic Acids Research (Hirata et al.)の紹介



 tRNAのアンチコドン一文字目の2'-O-メチル化を触媒するTrm7-Trm734複合体のX線結晶構造解析を行ない、どうしてこの複合体がある特定のtRNAのアンチコドンにのみ作用するのか、生化学解析を併用して説明を試みました。Photon Factoryの先生方とX線小角散乱の測定を行うなど、ずいぶん、いろいろなことをやったのですが、エッセンスだけをまとめた感じです。ともあれ、この仕事を世に出せたのは良かったです。
 tRNAのアンチコドン一文字目の2'-O-メチル化は、コドン-アンチコドン対合を強化し、mRNA上の遺伝暗号の読み取りを助けます。また、この研究で、真核生物tRNAPheのアンチコドン.ループの修飾ネットワークで、Trm7-Trm734が重要な役割を果たしていることが判り、どうして、Trm7-Trm734が特定のtRNAのみに作用するのかも理解できました。さらに、この酵素のヒトホモログ(FTSJ1)の変異は、X染色体リンク精神発達遅滞を引き起こします。したがって、この研究成果は、真核生物のタンパク質合成系の仕組みの一端を解明したものですが、遺伝病の発症機構にも基本情報を与えるものです。
 あちこち、ばさばさと削ってしまったので、論理構成に無理がないか心配していましたが、投稿してみるとレフリー2人にずいぶん褒められて、びっくりしました。

オープンアクセスなので、こちらへどうぞ

愛媛大学のプレスリリース記事へ

Press Release in English

宇和島東高校・大学研究室体験研修



宇和島東高校のみなさんと今回の担当者です。

Journal of Bacteriology (Hirata et al.)の紹介



Thermococcus kodakarensistrm11遺伝子破壊株が高温で生育できないことを示し、基質となるtRNATrpの一次構造を修飾レベルで決めました。
文章で書けば一行ですが、m5Cmの標準化合物を得るために、ヒトの遺伝子破壊株からtRNAを精製したり、mimG37か確かめるために、TYW1の遺伝子破壊株を作成したりと、ずいぶん手間と時間がかかっています。このtRNAには、新規修飾ポジションが5か所あります。例えば、マニアなみなさんも、s2C17とか、びっくりでしょ?また、tRNATrpで初めて、mimG37が見つかりました。そうそう、m2G67の修飾がTrm14によることも示しました。この配列を世に出せるようになるまで、8年ぐらいの時間がかかっています。この論文は、鈴木健夫先生、鈴木 勉先生の質量分析、Prof. LoweのガイドRNA予測、金井先生、跡見先生の遺伝子破壊株作成の支援を得て完成しました。鈴木健夫先生と私のDouble correspondenceになっています。

オープンキャンパスでの化学・生命科学コースの紹介



オープンキャンパスで、久しぶりに学科・教育コースの紹介を担当しました。学科長の時以来、8年ぶりです(堀)。

私(堀)の還暦お祝いの会



ずっと会えなかった歴代メンバーにも再会し、とても楽しい会でした(堀)。

山下さんが太陽石油奨学生に採用されました



採用通知を受け取って、大喜び

平成30年度・卒業・修了のメンバー



卒業・修了、おめでとうございます。

Frontiers in Genetics (Hori)の総説

高度好熱菌Thermus thermophilusのtRNA修飾の総説です。同時に、Microoriganism誌からも別の総説を依頼されており、2つの総説の内容が重複しないように苦心しました。それでも重複が多すぎるという理由で、9月に書き始めた原稿を11月に全部破棄し、あらためて書き直したので予定以上に時間がかかりました。2つの総説を同時に引き受けてはだめだと痛感しました。トピックスを絞っているので、読み物としては面白くまとまった感はあります。



いろいろなtRNA修飾酵素の最小基質もしくはtRNA上の認識部位をまとめたFigure 4。これが過去の総説にはなかった図で、一度、きちんとまとめておきたかった情報です。さらっとしてますが、自分達を含めた国内外の研究者による論文26報分の知見が、この1枚の図に込められています。

オープンアクセスなので、こちらへどうぞ


2018年の忘年会は、ボーリングからスタートしました




実験医学12月号「RNA修飾の宝庫 tRNA研究の最前線」



編者の深水先生(筑波大学)からの依頼原稿です。
9月に開催された27th tRNA Conferenceの紹介記事を書きました。若者の国際学会体験みたいな記事とは、一味違う内容にしたかったのですが、そのトーンが伝われば幸いです。ところで、これって、解説記事に含まれるのでしょうか?(堀)。


Microorganisms (Hori et al.)の総説
好熱菌タンパク質研究の第一人者、Dr. Gonzalez-Sisoからの依頼原稿です。研究室内で、好熱菌以外のRNA修飾についても、いろいろ研究が進んでいる現在、一度、好熱菌のtRNA修飾と修飾酵素の文献を網羅した総説をまとめたいと思っていたので、喜んで引き受けました。タッチの差で、ほぼ同じ内容の総説執筆依頼が、複数のジャーナルからあったのですが、一番最初に依頼が来たMicroorganisms誌のものを引き受け、他は断りました。3月に書きはじめ、実質6か月かかりました。引用文献370報、46ページ。当研究室で好熱菌tRNA修飾の研究にたずさわったドクターズにも手伝ってもらい、自分としては書ききった感があります。
m5s2U54修飾の発見者・渡辺 公綱先生に捧げた総説を、その三回忌に間に合う形でpublishすることができました。
いろいろな意味で記念碑的な総説になりました(堀)。

オープンアクセスなので、こちらへどうぞ



特集号の冊子体も出版されました。工業利用されている耐熱性酵素の論文と総説が中心なので、我々のtRNA修飾の総説は異彩を放っています。


27th tRNA Conference in Strasbourg



tRNA modificationのセッションの座長だったProf. Grosjeanと中嶋さんのポスターの前で...
「最近のおまえの仕事は、皆が避けていた課題に、真っ直ぐに取り組むものが多い。読んでいて、そうだったのかと納得させられるよ。素晴らしい。」
と褒められました。現在執筆中の総説について、少しご意見をいただきました。

荒川さん・安全衛生キャンペーン「危険を探せ」で優秀賞を受賞



表彰状を持って記念撮影

応用化学コースM2発表会



M2発表会では、上崎くん、福本くん、村上さんが発表しました。写真は、3回生に説明する福本くん

第20回日本RNA学会年会(大阪)


 
来年3月で、新潟大学を定年退職されるご予定の内海先生と...
年会世話人の藤原先生(近畿大学)の、みなを楽しませようという心遣いが感じられる印象深い年会でした。
学会のページへ


夢ナビライブ(大阪)



高校生向けの進学イベント・夢ナビ(大阪会場:インテックス大阪)で、3分間トークと30分講義、愛媛大学の広報活動をやってきました。久しぶりの高校生相手の学外活動で、自分としては頑張った感があります。

 3分間トークはこちら


平成29年度 卒業・修了・学位授与式



平成29年度の卒業・修了メンバーとともに

河村くん、一時帰国



2018年3月、トマス・ジェファーソン大学に留学中の河村くんが一時帰国して研究室を訪ねてくれました。愛媛県職員の中村くんとともに..

Journal of Biochemistry (Yamagami et al.)の論文紹介

山上くんが葉酸-フラビン依存性tRNAメチル化酵素(TrmFO)の遺伝子破壊株は、70℃、最小培地上では野生株より早く生育するという現象を見つけたのは、2013年ごろ。そこからThermus thermophilusのメチル基代謝経路全体を追跡するという仕事が始まりました。あまりに調べることが多くて、途中、Yamagami et al. Genes to Cells (2016)を切り離し、中嶋さん、福本さん、三宅くんと後輩3人がリレーしてとどめをさしました。ある生物が限られた栄養分を細胞内のどの代謝経路にどれくらい振り分けているのか調べた、当研究室としては新境地を開拓した論文になったと思います。

Frontiers Topics: Molecular Biology of the Transfer RNA Revisitedの紹介



2014年にFrontiers in Geneticsに出版された特集号eBook版です。当時、tRNAのメチル化以外の仕事も始めており、いったん区切りのため、過去20年分ぐらいのtRNAのメチル化とメチル化酵素の文献を網羅した総説を書いてみたいと思っていました。ちょうどよいタイミングで、執筆者に私を加えてくれたEditorの金井先生(慶応義塾大学)には感謝しています。3年半で40回を超える引用があり、同業者に読まれているのは光栄です。まだ、4年も経っていないのに、読んでみるととても懐かしい感じがします。(堀)

Nucleic Acids Res.(Kaneta et al.)の論文紹介

Methanopylus kandleriは、現在、知られている最も高温(120℃)で生育できる生物です。この古細菌tRNA遺伝子には変則的イントロンもあるのですが、どうやって除去されるのか、構造解析を元に議論し、スプライシングエンドヌクレアーゼの分子進化を考察しました。金田さんを軸とする平田先生チームの仕事です。

Polyamine (Nakashima et al.)最新研究紹介



日本ポリアミン学会の機関誌です。最新研究紹介というミニコラムで中嶋さんの論文を取り上げていただきました。自分も大概なRNA修飾マニアだと思いますが、ポリアミン学会の方々のディープさには脱帽です(堀)。

臼井くん、極限環境生物学会年会で優秀ポスター賞を受賞



表彰状と記念品を授与される臼井くん


J, Biochem. (Tomikawa et al.)の論文紹介

乳酸菌にコードされているアンチコドンがUAUのtRNA様転写産物が実際に細胞内に存在し、アンチコドン1文字目は未修飾Uであることを報告しました。実質、冨川先生と吉澤先生の仕事で、私(堀)はディスカッションに参加し、研究機材の一部を提供しただけです。

J. Biochem. (Tomikawa et al.)の論文紹介

化学工学分野の冨川先生が当研究室にいた頃の未発表データに幾つかの追加実験を足して完成した論文です。Aquifex aeolicus TrmBのS-アデノシル-L-メチオニンの結合サイトとメチル基転移機構を17種類の変異酵素の反応速度論解析によって議論しました。いろいろやった割にバサバサと削ってしまって骨だけの論文になってしまったと思っていましたが、印刷されてみると10ページもあり、きれいにまとまった感があります。

Genes to Cells (Nakashima et al.)の論文紹介

 共和化工・環境生物学研究所・大島泰郎所長から提案されたThermus thermophilusのポリアミン合成系遺伝子破壊株は、どうして高温環境で生育できないのかという問題に、中嶋さんが苦労に苦労を重ねて答えを出しました。ポリアミン合成系遺伝子破壊株中では、高温環境下で、リボソームと一部のtRNAが分解し、タンパク質合成系が停止してしまいます。中嶋さんが在学中に論文が受理されなかったのは残念ですが、フランスのグループと共同でCell-freeのタンパク質合成系による解析や顕微鏡観察を行なうなど、今までの当研究室の論文とは、一味違っています。
 Pub Med上で公開されて半年、突然、会ったこともないインドの研究者から「すばらしい論文だ!」と感想メールが送られてきて、驚かされました。超マニアックな論文ですが、マニア受けしているようです。

平成28年度卒業修了メンバー


5名が修了し、9名が卒業するという研究室始まって以来の節目の年になりました。そういや、金さんは初の外国人留学生卒業生になりました。


平成28年度理工学研究科博士前期課程学位授与式


今年度の理工学研究科修士総代は中嶋さんでした。学位記を授与されているのは、学長の大橋先生。


Biomolecules (Hori)の総説の紹介

Prof. Lagardから頼まれた依頼総説です。
2014年に書いたFrontiers in Geneticsの総説は、tRNAメチル化酵素全体をまとめたものだったので、細かい部分は書ききれずにいました。SPOUT tRNA methyltransferaseとその修飾ヌクレオシドについて、すべての文献を網羅した総説を書いてみたいと思っていたので、喜んで引き受けました。しかしながら、書き始めてみると大変で、2016年11月上旬に書き始めて、受理されるまで4か月、かかりました。引用文献160報以上、すべてに目を通して内容を紹介することができ、我ながら頑張った感はあります。まとめてみて気づいたのですが、SPOUT tRNA methyltransferaseの論文の10分の1近くは、当研究室の論文です。
 Web上で公開されて1か月、「この総説、よくぞ、まとめてくれた。」とか、「うちの研究室の仕事をこんなに紹介してくれて、ありがとう。」とか、「時には、Youは我々のコンペティターだったが、Youぐらい我々の仕事の価値をわかっている人はいない。」とか、海外の同業者から幾つもメールが来ました。みな、どう紹介されているのか、気になったみたいです。ま、この10数年、みんなよく頑張りましたという総説です。
 2018年のtRNA Conferenceでは、Prof. Ya-Min, Houに、「あなたの総説は美しい。多くの人は、自分のコマーシャルのために総説を書く。だけど、あなたは皆のために総説を書いている。」と褒められました。彼女の言う総説は、これのことかもしれません。細部にこだわった内容なので、あまり多くの人の興味を引かないかなと思っていましたが、2年間で10回を越える引用があり、Prof. Lagardもジャーナルも満足してくれていると思います。

オープンアクセスなので、こちらへどうぞ

tRNA Conference 2016 (Jeju, Korea)


韓国の人たちのホスピタリティを感じる印象深い学会でした。(堀)

Ribosome Structure and Function 2016 (Strasbourg, France)



リタイアを表明されたProf. GrosjeanとDinner会場にて
よく見ると、後方にいろいろな方々が写っています。

Prof. Grosjean いわく、「Hori、おまえの行く道は、まだまだ長い。これからだよ。」
Prof. Westhof いわく、「Hori、おまえはサイエンス・コミュニティにとてもよい貢献をしている。一つは、優れた論文を発表し続けていること、もう一つは、フェアでコンストラクティブなレフリーであり続けていることだ。」

なんかフランスの大御所、二人に励まされた感じです。Nucleic Acids ResearchのChief Editorにレフリーとしてのスタンスを褒められるとは...!
昨年の科研費審査員としての表彰に続き、ちょっと複雑な気分です。

学会記事へ

Nucleic Acids Research (Hirata et al.)の論文紹介

 
THUMP ドメインを持つtRNA (m2G10/m22G10) メチル化酵素の基質認識機構をX線結晶構造解析から明らかにしました。平成25年3月、交通事故のため亡くなった田村くんの残した結晶を元に、西山くん、山内さんとリレーして、平田先生がとどめを刺しました。m2G6メチル化酵素とm2G10/m22G10メチル化酵素という兄弟のような酵素を比較して、メチル化酵素がどうやってtRNA上のメチル化部位を決定しているのかを明らかにしました。また、RNA結合タンパク質にしばしば見られるTHUMPドメインが、CCA末端を含む一本鎖RNAへの結合領域であるという概念を一般化する仕事でもあります。

学報記事へ

Genes to Cells (Yamagami et al.)の論文紹介

 葉酸依存性tRNAメチル化酵素TrmFOとそれによるm5U54修飾がtRNA修飾ネットワークで低温適応の補助因子として働くことを報告しました。遺伝子破壊株の表現型が弱く、苦労に苦労を重ねた論文です。だけど、これまで報告された生物の中で、tRNAのm5U54欠損が表現型に現れた唯一の生物がThermus thermophilusであるという論文でもあります。New England Biolab社からtRNA抜きのCell-freeタンパク質合成系を供給してもらってフランス国立科学研究所(CNRS)で実験を行なったり、産総研の鴫先生からHB27の遺伝子破壊株を提供してもらうなど、多くの方々に協力を仰ぎました。

平成27年度の卒業・修了メンバーです


1人の博士、3人の修士、6人の学士が新たに誕生しました。

Nucleic Acids Res. (Kawamura et al.)の論文紹介

 
Thermoplasma acidophilumのtRNALeuが、2か所にアーケオシンを持つメカニズムを追跡しました。多段階反応の第一段階目のアーケオシンtRNAグアニントランスグリコシラーゼがマルチサイト特異性を持ち、G13, G15をpreQ0に交換する酵素活性を持っていました。河村くんが修士課程の時から追いかけていたメインテーマで、ほぼ5年の歳月がかかっています。長野さんと平田先生の開発したThermococcus kodakarensisの遺伝子操作システムを駆使し、岐阜大学・大野先生、能村さん、横川先生の質量分析の支援、群馬大学・行木先生のアドバイスを受けて、完成しました。



問題提起のFig. 4
なにげに単なる電気泳動技ですが、たった1枚のパネルを作るために、Thermococcus kodakarensis ArcTGTの発現系を作って精製酵素を使うなど、とても時間と手間がかかっています。このFigureがあってこそ、後半の論理展開が活きます。レフリーに絶賛されました。

愛媛大学ホームページ記事へ

できごと・岐阜大学訪問(2013年)へ

Prof. Dominique Fourmy (CNRS/ICBC)、来られる



中嶋さんの測定データを見ながら、ディスカッションする日仏メンバー

中嶋さん in フランス国立科学研究所(CNRS)



当初、11月に測定に行く予定でしたが、フランスで起こったテロのため、急きょ、12月に出発を延期しました。

日本学術振興会から、「有意義な審査意見を付していただいた科研費審査委員」として表彰されました。

大橋学長から、表彰状を授与される私。
科研費審査員という裏方の仕事を真面目にやったことを評価していただいて、ちょっと嬉しいです(堀)。

学科ホームページ記事へ


愛媛大学ホームページ記事へ

Journal of Biochemistry (Hori et al.)の論文の紹介

 Thermus thermophilusは、少なくとも16種類のポリアミンを生産します。これがtRNA修飾にどういう影響を及ぼすのかを調べました。大元は、何気に大学院生のころ、ポリアミンの影響を調べてみたら、ハマってしまったことがきっかけです。以来、30年間、時々取り出して調べてみては、論文にするのを諦めるのを繰り返していました。中嶋さんの仕事がどんどん進んで、データが貯まりはじめている状況を見て、大昔のデータを解放することにしました。私が25歳の時のデータも入っている論文です。第一著者論文は、これが最後かもしれないという感慨とともに、投稿しました。いろいろやったけど、削りに削って、骨だけの論文になってしまったと思っていたのですが、印刷されてみると9ページになりました。ようやく、ポリアミンを提供してくださった照井先生、大島先生に御恩を返すことができました。

Modified Nucleic Acids in Biology and MedicineのChapter (Hori, Yamagami and Tomikawa)



 2016年9月に出版された本のチャプターです。Prof. Erdmannからの依頼原稿ですが、途中でお亡くなりになり、Prof. Erdmannが最後にたずさわられた出版物になりました。死後、この本の出版はどうなるのかなと思っていましたが、後を継いだProf. JurgaとProf. Barciszewskiによってまとめらました。海外の医学・薬学系大学院生向けの書籍だということで、ThermusのtRNA Modification Networkを語りながら、tRNA修飾の研究がいかに医学・薬学の研究に貢献するのかも語るという変わった体裁です。山上くん、冨川先生に手伝ってもらって、わずか数日で書き上げましたが、1年以上経ってからReviseの依頼が来て、追加文献を入れて全面的に書き直したので、案外、時間がかかりました。

日本Archaea研究会第28回講演会・愛媛大学にて開催


会場の南加記念ホール入口にて、発表メンバー集合

Journal of Biochemistry誌の論文(Kusuba et al.)の紹介

 真正細菌由来ジヒドロウリジン合成酵素(Dus)の試験管内酵素活性測定法を開発し、その性質を調べたという論文。Dusは、不安定なため、試験管内で酵素活性を測定するのが困難という常識が業界内にありました。エアポケットのように試験管内では何も調べられていなかった状況を、精製できてみれば、あっさり打破できたという内容です。最初、岩崎さんが卒論生として担当した頃には、我々も業界の常識にとらわれていたのですが、後を継いだ吉田くん、楠葉くんによって次々と謎が解け、きれいにまとまりました。軽い感じで仕上げたつもりでしたが、Figure 8、9ページのかっこいい論文になりました。


楠葉くんの苦心作のFig. 7
T. thermophilusのDusが他の修飾を必要としていないことを示しています。

南山堂医学大辞典第20版の紹介

医学・薬学・看護学関係の方は、みなさんご存知の南山堂医学大辞典ですが、堀は第18版以来、著者に加えていただいてます。第20版が出ました。




平成26年度応用化学科学位授与式と卒業・修了祝賀会

祝賀会会場にて、冨川先生、大森さん、東口さんと



山上くんの博士号の学位授与式

平成27年3月24日、山上くんに博士(工学)の学位が授与されました。

Prof. Leulliot (University Paris 5)、来られる

松山城へ、案内した高井研・堀研合同チーム

J. Biol. Chm.誌の論文(Takuma et al.)の紹介

かつて、卒論生だった牛尾さんがTrmIはなぜか酵母tRNAPheの転写産物にメチル基を転移する活性が弱いということを発見したのが、2006年。その後、美濃地くん、詫間くんと二人の修士が受け継ぎ、越智さんや冨川先生も投入し、風山さんがとどめを刺しました。鴫先生にいただいたThermus thermophilustrmI遺伝子破壊株も使用しており、産総研との共同研究になっています。私(堀)自身の生データも載っている最近では珍しい論文です。う〜ん、最初の手がかりの発見から、10年近く、かかっているなぁ...


この論文を象徴する詫間くんと風山さんの合作のFig. 3。
詫間くんの描いた大きな全体像を、風山さんのデータがくさびのように留めています。

Journal of Biochemistry誌の論文(Kazayama, Yamagami, Yokogawa and Hori)の紹介

風山さんの早期修了をかけて、とことん、頑張ってみた異色作です。あまり、メソッド系の論文は書かない方なのですが、ま、RNAの精製法には一家言ある業界関係者に、これもアリと言ってもらえた論文です。ともあれ、この論文がわずか1年半で完成したのは、風山さんの努力があってこそです。また、このtRNA精製法、今も当研究室でみなが次々と異なるtRNAを精製し、貢献度の高い手法となりました。実際、フィンランド、中国、ロシア、インド、ブラジル、ポーランド、ドイツ、ベネズエラ、メキシコ、オーストリアと世界中から技術支援の問い合わせが多い論文です。tRNAが精製できず困っている人は、世界中にいるんですね。


この論文のすべてを体現しているFig. 2B
Lane 3の精製tRNAが見事でしょ?

Int. J. Mol. Sci.誌の論文(Kawamura, Anraku, Hasegawa, Tomikawa and Hori.)の紹介

ギリシャで開催された25th tRNA Conferenceの参加者あて依頼されたtRNA特集号の論文です。チーム・サーモプラズマの未発表データ集みたいな構成で軽く仕上げようとしたら、23ページにもなりました。冨川先生が土台を作り、安楽くんが広げたライブラリーを元に、河村くんと長谷川くんが詳細な解析を行なった内容で、Trm5, Trm1, Trm56の3つの酵素に関する論文3報分ぐらいのデータがオムニバスな感じで記述されています。



スタート地点のFig. 3。開始tRNAMetにアーケオシンとm1Iが見えます。この情報は、先行研究の内容を修正する必要があることを示しています。まず、この情報をリリースしておこうということで書き始めました。

平田先生、第15回極限環境生物学会奨励賞受賞



大島泰郎学会長から表彰状を授与される平田先生

学報記事へ

Nature Commun.誌の論文(Jun et al.)の紹介

ユーリーアーキアのRNAポリメラーゼの構造解析の論文です。基本的に、平田先生がかつて在籍していたProf. Murakami研究室の仕事で、平田先生は分割Corresponding authorの一人です。














2014年10月17日、愛媛新聞の掲載記事

風山さん、山上くん、フランス国立科学研究所で測定

Prof. Yoshizawa研究室のラボのみなさんと

Encyclopedia in Life Sciences誌の総説(Hori et al.)の紹介

Encyclopedia in Life Sciences誌は、インターネット上の百科事典で、総説も掲載されます。古くなった2009年版をアップデートしたいという編集部からの依頼があり、Corresponding authorの渡辺先生が体調をくずされている状態でしたので、全面的に私が筆を入れました。tRNAの転写からプロセシング、スプライシング、修飾、分解までを網羅したあまり例を見ない総説になっています。

Frontiers in Genetics誌の総説(Hori)の紹介

Function of tRNAという特集号の依頼総説です。一度、過去20年分ぐらいのtRNAのメチル化とメチル化酵素に関する論文を網羅した総説をまとめておきたかったのですが、始めてみると300報以上の引用文献があり、執筆に6か月以上、かかりました。総ページ数26ですが、巨大なTable 1がその集大成です。なお、PubMedで検索できるすべての論文を網羅するつもりだったのですが、キーワードのかけ方が悪くて、5〜6報、漏れがあったことに出版後に気づきました。意図的に無視したわけじゃありません。ちょっと残念な感じなので、誰か2020年頃、アップデート版を書かせてくれると幸いです。出版されておよそ1年間で、10数回の引用があり、依頼したJournal側は満足してくれていると思います。

オープンアクセスなので、こちらへどうぞ

この総説、5年経っても引用され続けていて、書いた本人がその影響力にあきれています。アップデート版は、2020年でなくてよい気がしてきました(2019年3月記)。

Publication Impactはこちら


風山さん早期卒業卒業式

学位記を授与される風山さんと工学部長の大賀先生

FEBS Letters (Tomikawa et al.)の論文紹介



 冨川さんと河村くんが、東京薬科大学・山岸研へThermoplasma acidophilumの培養を習いに行ったのが、2010年3月。
できごと記事へ

大平先生、鈴木先生の質量分析の強力なサポートを受けて、3年ごしの論文として、まとまりました。
この古細菌tRNAを見て、違和感を覚えた方は、そうとうのマニアです。実は、アーケオシン13、m7G49はすべての生物で新規ポジション、s4U9、ncm5U34は古細菌初、m22G26は古細菌Class II tRNAで初と、初物づくしのtRNAの発見です。

第15回日本RNA学会年会
みなさん、お疲れ様でした。


第15回日本RNA学会のスタッフです。
第15回日本RNA学会年会記録のページへ写真をアップしました。
年会記録のページへ

年会ホームページへ


J. Biol. Chem. (Ochi et al.)の論文紹介

 越智さんが学振・特別研究員PDとして在籍していた頃の仕事を、山上くんが引継ぎ、Ya-Min Hou教授らの意見も活かして追加実験をおこなった、3年半の時間をかけた長編です。TrmHの触媒ドメインが、基質tRNAの選択を行なっており、従来、tRNA結合部位だと予想されていたC末端領域は、tRNA-酵素複合体の形成を助けるだけで、メチル化する・しないの決定には関わっていないことを明らかにしました。渡辺先生(現:岡山大)、濡木先生(現:東大)など、かつての共同研究者と議論した内容が軸となっており、これらの先生方にも共著者に加わっていただきました。
TrmHシリーズ11報目で初めて、in vivoのアッセィ系を使っており、真壁先生、桑島先生と共同のストップド・フロー解析と絶妙の対比になっています。(堀)


第15回日本RNA学会年会ホームページ開設とポスター完成




ポスターは、応用化学科3回生・高井美穂さんの作品です。
全国500箇所の研究機関・研究者に配布されます。

杉野くんが、愛媛大学成績優秀賞を授与されました



学長表彰の楯をもって記念撮影


Nucleic Acids Res, (Watanabe et al.)の論文紹介

ヒト細胞に熱ショックを与えると、開始メチオニンtRNAが特異的に分解される現象を発見し、分解に関わるヌクレアーゼを特定し、そのメカニズムを考察した論文です。基本的に、渡辺和則先生が東京大学に在籍した時代の仕事です。我々は、実験結果をディスカッションし、ヌクレオシド分析などに参加しただけです。


J. Biol. Chem. (Yamagami et al.)の論文紹介

葉酸-FAD依存性tRNAメチル化酵素(TrmFO)のRNA認識に関する論文です。岩下さん、山下くんから、7年間かけた研究テーマに山上くんが結論を出しました。途中、東京大学の濡木先生のグループと共著の論文(Nishimasu et al.Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2009)が出ましたが、ようやく、当研究室が最初にすえていた目標のひとつがクリアできました。



葉酸-FAD依存性tRNAメチル化酵素(TrmFO)が、なぜアンチコドン・ループをメチル化しないのか、そのメカニズムを提案したFig. 9。当たり前のように見えて、実験的に証明するのは、難しかったので、結構、私のお気に入りの図です(堀)。


iGEM2012アジア大会(香港)で Team Ehime-Japanがブロンズ・メダルを受賞

学報記事へ


C:\Users\TUN☆\Desktop\写真 抜粋\IMG_0171.JPG

プレゼン前のTeam Ehime-Japan、応用化学科と農学部の2回生の連合チームです。

C:\Users\TUN☆\Desktop\写真 抜粋\IMG_0171.JPG

大会を終えて、最終日、ポスターの前で...
一年近く、みな、よく頑張りました。


Nucleic Acids Res. (Hirata et al.)の論文紹介


平成24年9月23日愛媛新聞・朝刊です。
平田先生、山上くん、河村くんはじめ、慶応大学の金井先生らのお名前がなく、取材された時に、もう少し念を押しておくんだったと反省してます。(堀)

学報記事へ
こちらは、私の文章です。




ARMANは、世界最小クラスの生命体です。その細胞の体積は、大腸菌細胞の数100〜1000分の1しかありません。これは、生命を維持していく上で、必要な遺伝子やタンパク質を、ぎりぎり詰め込める大きさではないかと言われています。ですが、tRNA遺伝子上には多数のイントロンが存在しています。このイントロンを除去するスプライシング・エンドヌクレアーゼのX線結晶構造解析に成功しました。



驚いたことに、ARMANのスプライシング・エンドヌクレアーゼは、既知の酵素のパーツをシャッフルしたような構造になっていました。どうやら、ARMANは、この酵素を独自に進化させたようです。生命の限界付近で起こった分子進化の一端を明らかにしました。



左は、変則的イントロンを切断できる一般的なスプライシング・エンドヌクレアーゼのタンパク質構造モデル。ARMANのスプライシング・エンドヌクレアーゼ(右)では、3つのパーツがシャッフルされている。
 本研究は、慶応大学、米国航空宇宙局(NASA)、カリフォルニア大学・バークレー校との共同研究です。


第14回日本RNA学会



 セッション5の座長オーバービューを担当する私(堀)。中身が濃く、レベルの高い3つの演題を紹介できて、光栄です。


山上くんの那須奨学金授与式




山上くん「このお金は大切に使わさせていただきます。」
目録を渡されているのは、工学部長の大賀先生


J. of Experimental Medicine (Jockel et al.)の論文紹介

気道感染するインフルエンザ菌などのtRNAは、TLR7を介して免疫系を刺激し、インターフェロンの産生や炎症を誘発します。ところが、ヒトや腸内細菌(大腸菌、乳酸菌など)のtRNAでは、そのような現象がおこりません。この原因を突き止めたところ、tRNAにGm18の修飾があれば、免疫系を刺激しないことが判りました。すなわち、実害のない腸内細菌である目印として、tRNA修飾が関わっていました。TrmHによるGm18の修飾が、ヒトと腸内細菌の共存に役立っていたという論文です。
ドイツのProf. Bauerとの共同研究ですが、こちらは、TrmHを提供したり、修飾ヌクレオチドの分析をアドバイスしただけなので、実質、ドイツのグループの仕事です。とても時間のかかった仕事で、私自身、手伝ったことを忘れていました。お疲れ様でした。


未来の科学者養成講座



未来の科学者養成講座で、済美高校の学生さんが当研究室で体験実験をしました。

渡辺くん・曽我部くん来る



応化セミナーミニシンポジウムで講師として、渡辺くんが来学した日、偶然、曽我部くんも研究室を来訪しました。この3人がそろったのは、2004年3月以来かな?あれから、ずいぶん、いろいろありました。しっかし、30歳すぎても、弟子は弟子だなぁ
(堀)

J. Biol. Chem. (Awai et al.)の論文紹介



2009年に論文発表したマルチサイト特異性RNAメチル化酵素の機能をタンパク質構造を元に議論しました。理化学研究所のIhsanawati博士、別所先生、仙石先生、横山先生(東京大学兼任)の構造データを元に、我々が生化学解析を担当し、基質結合部位や触媒機構を考察しました。粟井さんが作成し途中まで分析した30種類以上の変異酵素を、越智さんが引継ぎ、平田先生のアイデアを入れて、さらに解析した大長編です。これまた、4年以上の時間がかかっています。
みなさん、お疲れ様でした。



Nucleic Acids Res. (Hirata, Kitajima, and Hori)の論文紹介



一部の古細菌が保持している広い基質特異性をもつRNA スプライシング・エンドヌクレアーゼが、実際に古細菌の細胞内でtRNA中の変則的なイントロンを切断すること、およびこの酵素の特殊なループ構造が広範な基質特異性を与えていることを証明しました。古細菌については、何も研究室の経験値がないところからスタートしたこの研究、3年間にわたる北嶋くんの努力が突破口を切り拓きました。北嶋くんの華麗な生化学的解析と平田先生のX線結晶構造解析が絶妙なコンビネーションになっています。
世界的にライバルの多いスプライシング業界で、ようやく芽が出た感じです。(堀)


平成22年度の卒業生・修了生です


卒業・修了したメンバーです。
偶然、研究室OBの渡邊くんも共同研究で来ていました。
今年も、大きなメンバーチェンジの年となりそうです。


平成22年度・日本化学会・中国四国支部支部長賞を河村くんが受賞しました。



卒業送別会での表彰式。
賞状を受け取る河村くん、賞状を授与しているのは、学科長の私(堀)。


平成22年度・愛媛大学卒業式で、長野さんが全学卒業生総代を務めました。


全学の卒業生総代として、答辞を読む長野さん。
後姿は、学長の柳澤先生


第11回極限環境生物学会(京都)で、平田先生がポスター賞を受賞しました。


ポスター賞を受賞して、あいさつする平田先生
このところ、学会で受賞が続いてます。
みな、活躍してますね。


Nucleic Acids Res. (Ishida et al.)の論文の紹介



 好熱菌のtRNA修飾と言えば、高温(80度以上)での機能ばかりが着目されてきました。しかしながら、高度好熱菌は、50-80度という広範囲な温度で生きていけます。tRNAのPseudouridine55の修飾が、tRNA修飾ネットワーク(図)中で、低温(50度)適応のために必要な因子であることを発見しました。石田くんが苦労を重ねた結果を、国林くんと冨川さんが丹念に追いかけ、4年がかりの作品にまとめ上げました。
 私にとっては、好熱菌tRNA修飾の機能研究として、記念碑的作品になりました。(堀)


第9回高度好熱菌連携会議(理研・播磨研究所、SPring-8)で、冨川さんがWhole Cell賞を受賞しました。




研究室からこんにちは 4




う〜ん、こういうのも著書なんでしょうか?
私の本の中でも、異例の一冊です。
北嶋くんや石田くんも出演してます(堀)

Methods in Molecular Biology vol. 607 (2010)



無細胞タンパク質合成系によるヘテロサブユニットRNA修飾酵素の生産に関する総説が掲載された書籍です。

J. Biol. Chem. (Ochi et al.)の論文の紹介

最新の研究成果(越智さん J. Biol. Chem.)へ


Curr. Opinion in Struct. Biol. 2009年12月号
表紙は平田先生の古細菌RNAポリメラーゼの図です。



平田先生の総説が掲載されました。


地域の小中高校生とともに

平成21年の秋は、地域の小中高校生への啓蒙活動が連続しました。まあ、こういう年もあります。


平成21年11月、第16回観てさわって体験、科学フェスティバルのブース18「作って弾んでスーパーボール」を、平田先生を中心に修士・卒論生全員参加で担当しました。


平成21年10月、研究室体験で訪れた松山南高校の学生さんとタンパク質の結晶化を仕込む北嶋くん、越智さん


平成21年9月15日、研究室訪問の松山西中等教育学校の生徒さんたちに、タンパク質の構造解析を説明する平田先生


Nucleic Acids Res. (Tomikawa et al.)の論文の紹介

最新の研究成果(冨川さん Nucleic Acids Res.)へ


J. Biol. Chem. (Awai et al.)の論文の紹介

最新の研究成果(粟井さんJ. Biol. Chem.)へ


生化学2009年 5月号

表紙は、平田先生の古細菌RNAポリメラーゼの鉄・イオウクラスターサブユニットの図です。



平田先生の「ミニレビュー」と私の「ことば」(用語解説記事)が同時掲載されました。


Proc. Natl. Acad. Sci. USAの論文の紹介

愛媛大学・教育研究トピックス記事へ

A-IMBN Research Highlights 記事へ

最新の研究成果(Proc. Natl. Acad. Sci. USA)へ


図1 我々が、開発した二段階酵素活性測定法の原理
 初発物質にアミノ酸のセリンを利用し、試験管内でメチル基転移型葉酸を合成し、TrmFO活性をとらえることに成功しました。放射性標識したセリンを用いれば、定量的な機能解析が可能です。

図2 TrmFOのX線構造
フラビン(FAD)の結合したドメイン(青)に挿入ドメイン(赤)が組み合わさった新規構造でした。葉酸結合フォームの構造解析は、葉酸依存性酵素すべてを含めて、世界初です。活性に関与する二つのシステイン残基(C51, C223)を表示してあります。


平成20年度を振り返って...


第31回分子生物学会にて


高輝度放射光施設・SPring-8にて


FEBS Summer School (ギリシャ)にて


理研連携会議(理研・播磨研究所)にて

学会へ、測定へ、実験へ、培養へ、海外サマースクールへ、そして連携会議へ...
本年度も、みな、あちこち、出動しました。
おつかれさまでした!!